تحلیل داده بیوانفورماتیک - تسلط به پایتون، R و لینوکس
✅ سرفصل و جزئیات آموزش
آنچه یاد خواهید گرفت:
- اصول زبانهای اسکریپتنویسی پایتون، R و Bash - مبانی این زبان اسکریپتنویسی شامل سینتکس، تایپهای داده، متغیرها و ساختارهای کنترل را یاد میگیرید.
- استخراج و دستکاری داده - با نحوه تجزیه و دستکاری انواع مختلف داده زیستی مانند توالیهای DNA، ساختارهای پروتئین و پروفایلهای بیان ژن آشنا میشوید.
- مصورسازی داده - روشهای مصورسازی داده زیستی با استفاده از پایتون و R، از جمله ایجاد نمودارها، گرافها و چارتها برای کسب بینشها از داده را میآموزید.
- تحلیل آماری - تکنیکهای تحلیل آماری در R برای بررسی مجموعه دادههای زیستی، شامل آزمون فرضیه، تحلیل رگرسیون و خوشهبندی را مطالعه میکنید.
- اتوماسیون و توسعه پایپلاین - با اسکریپتنویسی Bash یاد میگیرید چگونه تسکهای تکراری را خودکار کرده و پایپلاینهای پردازش داده کارآمد بسازید.
- پروژههای واقعی تحلیل داده - مهارتهای آموخته شده را با مجموعه دادههای زیستی واقعی به کار میبرید و تجربه عملی در تحلیل بیوانفورماتیک کسب میکنید.
- بهترین شیوههای اسکریپتنویسی بیوانفورماتیک - بهترین شیوهها برای نوشتن اسکریپتهای تمیز، بهینه و قابل نگهداری در تحلیلهای بیوانفورماتیک را میآموزید.
پیشنیازهای دوره
- دانش اولیه زیستشناسی - آشنایی با مفاهیم اساسی زیستی مانند DNA، ژنها، پروتئینها و فرآیندهای زیستی
- توانمندیهای کامپیوتری - آشنا به کار با کامپیوتر و نرمافزارهای اولیه - تجربه قبلی برنامهنویسی لازم نیست.
- آشنایی با خط فرمان - آشنایی اولیه با رابط خط فرمان (مانند ناوبری در دایرکتوریها و اجرای فرمانها) مفید است ولی اجباری نیست.
- الزامات سختافزاری و نرمافزاری - دسترسی به کامپیوتری با اتصال اینترنت و توانایی نصب نرمافزارهای مورد نیاز دوره (پایتون، R و Bash)
توضیحات دوره
به دوره «اسکریپتنویسی بیوانفورماتیک - از تجزیه داده تا تحلیل» خوش آمدید، دورهای جامع که مهارتهای ضروری در پایتون، R و اسکریپتنویسی Bash را برای پردازش و تحلیل مؤثر داده زیستی به شما میآموزد.
در حوزه سریعا در حال تحول بیوانفورماتیک، توانایی تحلیل و تفسیر موثر داده زیستی اهمیت زیادی دارد. این دوره به شما کمک میکند با زبانهای اسکریپتنویسی پرکاربرد این حوزه - پایتون، R و Bash - آشنا شوید و آنها را روی مجموعه دادههای زیستی واقعی اعمال کنید.
دوره با مقدمهای بر اصول پایتون، R و اسکریپتنویسی Bash همراه است که شامل سینتکس اولیه، ساختارهای داده و کنترل جریان میباشد. سپس خواهید آموخت چگونه انواع داده زیستی مثل توالیهای DNA، ساختارهای پروتئین و پروفایلهای بیان ژن را با این زبانهای اسکریپتنویسی، تجزیه کنید.
در ادامه، مباحث پیشرفته مانند مصورسازی داده، تحلیل آماری و یادگیری ماشین در پایتون و R را بررسی خواهید کرد. همچنین نحوه اتوماسیون تسکهای تکراری و ساخت پایپلاینهای پردازش داده کارآمد با اسکریپتنویسی Bash را نیز یاد خواهید گرفت.
در پایان دوره، مهارتها و اعتمادبهنفس لازم برای حل مسائل پیچیده بیوانفورماتیک و انجام تحلیلهای معنادار روی داده زیستی را خواهید داشت. چه زیستشناس باشید که میخواهد مهارتهای محاسباتی خود را ارتقا دهد و چه برنامهنویسی که علاقهمند به اعمال دانش خود در تحقیقات زیستی است، این دوره دانش و ابزارهای مورد نیاز برای موفقیت در بیوانفورماتیک را در اختیار شما قرار میدهد.
با ما همراه شوید و مهارتهای بیوانفورماتیک خود را به سطح بعدی ببرید!
این دوره برای چه کسانی مناسب است؟
- زیستشناسان - کسانی که میخواهند مهارتهای محاسباتی خود را بهبود دهند و یاد بگیرند چگونه داده زیستی را با زبانهای اسکریپتنویسی تحلیل کنند.
- برنامهنویسان - افراد علاقهمند به کاربرد مهارتهای برنامهنویسی در تحقیقات زیستی و شناخت چالشهای خاص تحلیل داده بیوانفورماتیک
- دانشجویان - دانشجویان بیوانفورماتیک، زیستشناسی، علوم کامپیوتر یا رشتههای مرتبط که میخواهند مهارتهای عملی اسکریپتنویسی بیوانفورماتیک را کسب کنند.
- حرفهایها - فعالان حوزه بیوانفورماتیک که به دنبال بروزرسانی مهارتهای خود و یادگیری تکنیکهای جدید تحلیل داده هستند.
- علاقهمندان به بیوانفورماتیک - افرادی که به موضوع بیوانفورماتیک علاقه دارند و میخواهند بیشتر درباره نحوه تحلیل داده زیستی با زبانهای اسکریپتنویسی بدانند.
تحلیل داده بیوانفورماتیک - تسلط به پایتون، R و لینوکس
-
آشنایی با اسکریپتنویسی بیوانفورماتیک 08:48
-
آشنایی با لینوکس (Bash برای بیوانفورماتیک) 18:40
-
آشنایی با لینوکس (Bash برای بیوانفورماتیک) - راهنمای مبتدی 01:09
-
ابزارهای E-utilities NCBI در bash (تحلیل توالی) 16:43
-
ابزارهای معروف بیوانفورماتیک (مقدمه و نصب) 09:09
-
Blast برای لینوکس (همولوژی توالیها) 12:16
-
تحلیل همترازی توالیها 05:59
-
تحلیل فیلوژنتیک (ساخت درخت) 14:24
-
معرفی گیتهاب 11:04
-
راهاندازی پروفایل و اولین مخزن 12:18
-
جستجوی پروژههای بیوانفورماتیک 08:13
-
کلونسازی و فورک کردن مخازن 15:21
-
همکاری در گیتهاب 06:34
-
گیتهاب برای مدیریت پروژه 07:21
-
مقدمه و دلیل استفاده از CLI در بیوانفورماتیک 06:02
-
توضیح CLI و GUI 03:24
-
اگر سیستم رابط کاربری گرافیکی داریم، چرا باید از CLI استفاده کنیم؟ 07:07
-
تمرین کوتاه با زبان برنامهنویسی 03:15
-
چرا باید CLI را به جای GUI استفاده کرد؟ 03:44
-
توضیح اصول پشت شل CLI 07:40
-
معایب CLI و GUI 02:53
-
مقدمه لینوکس و کاربرد آن در طول سالها 05:29
-
توزیعهای لینوکس 05:03
-
چرا سیستمعامل اوبونتو؟ 03:20
-
توضیح WSL 02:05
-
لینوکس در مقابل و یونیکس 04:21
-
عملی - ساخت Subsystem لینوکس در سیستم عامل ویندوز 05:06
-
فرمانهای مدیریت فایل لینوکس 11:05
-
دسترسی و ایجاد فایلها در سیستم عامل ویندوز 03:28
-
فرمانهای اولیه مدیریت فرآیند در سیستم عامل لینوکس 07:07
-
مقدمه E-Direct 03:44
-
نصب NCBI از طریق CLi 01:19
-
توابع Entrez Direct 02:17
-
بازیابی توالیهای mRNA و پروتئین 03:08
-
بازیابی دستهای پروتئینها با استفاده از شناسه تاکسون 02:09
-
بازیابی CDS از ژنوم مرجع 01:16
-
توضیح فرمانهای مختلف 01:13
-
توضیح پایپلاین 07:55
-
مقدمه 04:55
-
دریافت خوانشهای SRA 08:18
-
بررسی کیفیت داده 07:39
-
Trim کردن کیفیت داده 04:34
-
Aligners و ترازبندی خوانشها به ژنوم 12:48
-
ایندکسگذاری و مرتبسازی فایل SAM و BAM 07:15
-
استخراج ویژگی 08:43
-
مقدمه 03:51
-
انواع واریانتها 07:20
-
درک متادیتا و نرمافزارها 05:22
-
دریافت داده از SRA با استفاده از ابزار جعبه ابزار SRA 07:18
-
کنترل کیفیت و Trimming 09:46
-
ابزارهای Sam و Bcf، فیکس کردن NS و فراخوانی واریانتها 07:49
-
ترازبندی به ژنوم مرجع 10:15
-
جداسازی واریانتهای SNP و Indel 05:17
-
مصورسازی واریانتها با استفاده از IGV و مرورگر UCSC 03:37
-
آشنایی با بیوانفورماتیک و دلیل استفاده از پایتون 09:17
-
مقدمه BioPython 09:58
-
راهاندازی محیط کدنویسی 14:02
-
توضیح کتابخانههای مورد استفاده در دوره 15:25
-
فرمتهای پیشرفته فایل در بیوانفورماتیک با BioPython 19:23
-
تحلیل توالی با استفاده از Biopython 16:17
-
دسترسی و بازیابی پایگاه داده با استفاده از Biopython 11:33
-
کار با ژنومها با استفاده از Biopython 19:08
-
ساخت درخت فیلوژنتیک با استفاده از Biopython 14:09
-
تحلیل پروتئومیکس با استفاده از Biopython 19:56
-
یادگیری ماشین در بیوانفورماتیک 11:45
-
آشنایی با بیوانفورماتیک و R - بررسی تلاقی علوم زیستی 08:02
-
شروع کار با R - نصب و آشنایی با متغیرها 10:15
-
کار با پکیجهای R - نصب، بارگذاری و بررسی ابزارهای بیوانفورماتیک 09:34
-
تحلیل بیان ژن تفاضلی با Deseq2 - آمادهسازی داده 05:27
-
درک کد Deseq2 17:43
-
تبدیل شناسههای ژنی Ensembl به نمادهای ژن - استفاده از تکنیکها و پکیجهای R 11:30
-
مصورسازی داده بیان ژن - ایجاد نمودارهای خیرهکننده با ggplot2 10:14
-
آشنایی با تحلیل داده توالییابی RNA تک سلولی (scRNA-seq) 07:15
-
بررسی کد scRNA-seq - مسیرهای سلولی و پویایی بیان ژن 21:55
-
مقدمه میکرواری 18:49
-
پایگاه دادههای میکرواری 12:20
-
تحلیل میکرواری با استفاده از GEO2R 18:33
-
تحلیل میکرواری در R 33:45
مشخصات آموزش
تحلیل داده بیوانفورماتیک - تسلط به پایتون، R و لینوکس
- تاریخ به روز رسانی: 1404/12/10
- سطح دوره:متوسط
- تعداد درس:78
- مدت زمان :12:24:29
- حجم :5.98GB
- زبان:دوبله زبان فارسی
- دوره آموزشی:AI Academy